文献管理器有什么软件比较好，它们是怎样使用的？_ZNDS问答

fgs

最好能支持下工科领域的需求，工科会经常读扫描格式的老文献，这方面很多新兴的管理软件（如readcube）支持很一般

1. 前言

对于研究生而言，文献阅读以及学术写作几乎是生活日常。那么，一款方便、快捷、高效的文献管理软件显得至关重要！笔者以前使用过国外的 Mendeley 、 EndNote 以及国内的 Notefirst 、NoteExpress 。但用起来实在不能令人满意(各种吐槽)。
直到后来，导师向我推荐了这款文献管理软件——「 Zotero 」，学会以后，顿时感觉 Zotero 简直是“神器”。刚好最近又读了 Stata 连享会的推文—学术论文写作新武器：Markdown-中篇 (微信版)，里面简单提到了 Zotero，于是抽出空闲时间写下这篇文章向大家介绍下 Zotero 这款神器。
那 Zotero 到底是什么？

简单讲, Zotero 是一款文献管理器。它可以用来存储、管理和引用文献(如书籍, 文章等)。在 Zotero 中，每条文献构成一个文献条目。

当然，你可以把 Zotero 通俗地理解为一个“文件夹”，它几乎可以储存任何形式的知识。
相比于其他文献管理软件，我认为 Zotero 有三大优势：

首先， Zotero 操作简单，上手快。认真读完这篇文章后，你完全可以熟练地使用 Zotero 。
其次， Zotero 是一家非营利性组织，用户无需付费即可使用，而且你可以无限制地创建文件夹。
最最重要的是，Zotero 是一款开源软件，这意味着有各种插件可以使用，而这也正是 Zotero 的强大之处。

2. 开始使用 Zotero 吧！

如果你还在犹豫使用哪款文献管理软件，我推荐你尽快学习 Zotero ！
话不多说，我们开始上手操作 Zotero 吧!
2.1 Zotero 下载与安装

如果你还没安装 Zotero ，可通过 --点击链接--下载
Zotero官网目前提供三个版本—— Windows 、mscOS 以及 Linux 。大家自行根据电脑系统下载、安装以及注册配置。

如果大家对英文界面不适应，可以在 Zotero preference -> Advanced -> Language 进行语言重设。

2.2 文献保存与下载

安装完成 Zotero 后，打开Zotero ，点击左上角的 + 号创建分类，用以存放日常的各种文件。

在 Zotero 中，你可以无限制地创建分类以及相应的子分类。

创建分类后，我们便可以将文献条目保存至某个分类之中。

从上图中，我们可以看到，软件中间一栏即为保存的文献条目，右侧一栏则为文献条目的具体信息，其中包括条目类型、标题、作者、摘要、期刊、页码以及 DOI 等。
2.2.1 文献保存

那么，如何保存文献条目呢？
这里需要用到一款（常用的）浏览器插件—— **Zotero Connector **( Chrome，Firefox，edge 及 Safari 均可下载） Zotero Connector 是官方开发的插件，可以帮助我们快速地保存文献。

当我们在浏览网页时， Zotero Connector会自动感应到文献，我们只需点击一下图标，Zotero Connector就可以将文献保存到所选择的文库中。一般情况下，浏览器右上角显示的插件图标类似于纸张。

但 Zotero Connector 检测到的内容不同，显示的保存图标也会不同。
例如，如果检测到多条文献，就会显示一个文件夹图标：

如果检测到的内容是书籍，就会显示一个书籍图标：

如果是 PDF 文件，就会显示一个 PDF 图标：

除了 Zotero Connector，我们也可以输入相应的标识符（例如ISBN，DOI，PMID 或者 arXiv ID）进行保存文献条目。

当然，如果事先已经下载好 PDF 文件，也可直接将其拖拽至软件中，Zotero 能够提取PDF的元数据，进而生成相应的文献条目。

但值得注意的是，手动下载 PDF 并不是保存文献的最佳方法。使用 Zotero Connector 插件可更快地导入项目，并且通过 Zotero Connector 保存下来的文献质量也比其他方式更高。

2.2.2 期刊订阅

当然，Zotero 也可以是一款 RSS 订阅器，及时追踪期刊发布的最新文章。
例如，我们在知网上找到某一期刊，点击右上角的 RSS订阅，复制链接。打开 Zotero ->点击左上角->新建订阅->来自 URL，将前面复制的链接粘贴至此即可。

2.2.3 文献下载

使用过程中，很多用户可能无法在知网（CNKI）中无法抓取到 PDF 文件。
这时，需要用到另一款浏览器插件——油猴( Tampermonkey )。

油猴的强大之处，这里不做过多的赘述。总之，油猴包含有众多的脚本，可以提升用户上网冲浪的体验感。如果想详细了解油猴以及脚本的安装教程，可以参考少数派的文章——用 Chrome 的人都需要知道的「神器」扩展：「油猴」使用详解。

或者准确地说，我们这里用到的是油猴中的一个脚本——知网下载助手。

笔者这里已经安装，故图中没有“安装此脚本”的字样。

知网下载助手安装以后，Zotero Connector 就可以在知网抓取到 PDF文件（当然，前提是学校购买才可以！）。
中文文献解决了，那英文文献如何保存下载呢？
相比于中文文献，Zotero 对英文文献的下载更方便。
选中某个文献或者全选，右键->找到可用的 PDF 即可完成下载。

然而，大多数英文文献下载并不是免费的，所以很多时候无法下载 PDF 文件。

这时大家会想到 Sci-hub，我相信大家都用过（也可能经常）。那么，我们是否可以将 Sci-Hub与 Zotero 搭配起来使用，从而高效地下载文献？

答案是——可以的！
此处，大家可以参考 知乎@青柠学术的文章——《Zotero 搭配 Sci-Hub，真香！》
笔者也是参考他们文中的做法，故在此不作过多的讲解~~
（一定要看！！Sci-hub 与 Zotero 搭配使用简直是效率工具！）
2.2.4 文件命名与注释提取

有时，我们需要将批量下载的 PDF 文件进行重命名，以便于管理和识别。
而此时，Zotero 中的另一款插件—— ZotFile便派上用场。 Zotero 插件通常有两种格式：一种为 .xpi格式，另一种为 .zoteroplugin格式。
下载后，转到 Zotero->工具->插件->右上角小齿轮->Install Add-on From file...->选择文件（此处为 .xpi 格式）安装即可。

安装后，转到工具->ZotFile Preferences->Rename Rules->Format for all ITem Types except Parents以及Format for Patents.

此处以ZotFile提供的一个命名字符串为例：

{%a*}{%y*}{%t}: Abbott_Hrycak_1990_Measuring Resemblance in Sequence Data

设置后，批量选取文献，点击右键->Manage Attachments->Rename Attachments 即可完成重命名。

除了重命名之外， ZotFile 还可以提取PDF的注释。
例如，笔者打开某PDF 文件，高亮其摘要部分，将其保存。
返回 Zotero界面，右键->Manage Attachments->Extract Annotations即可提取到 PDF 文件的注释。
详细内容参见连享会推文

专题：工具软件
- Zotero：文献管理神器五分钟学会

相关推文

Note：产生如下推文列表的 Stata 命令为：
. lianxh Zotero 文献管理
. songbl Zotero 文献管理
安装最新版 lianxh/ songbl 命令：
. ssc install lianxh, replace
. ssc install songbl, replace

专题：工具软件
- Zotero 进阶：同步、群组和内置阅读器的使用
- Zotero：如何定制参考文献样式——以《世界经济》中文期刊为例
- Zotero：文献管理神器五分钟学会
- Mendeley 文献管理软件快速指南

zotero的使用引导

1 引言
我在阅读文献的过程中，发现迫切需要这样的功能：

对文献进行归类，其中重要一点是一个文献可以属于多个类别；
对文献进行阅读的同步，即我在这台电脑对文献阅读做了批注、标记后，换另一台电脑仍能继续工作，这样阅读的思路就不会断了。

文献管理软件zotero+坚果云网盘能十分契合上述需求，这几天刚刚对其刚上手，故写此教程以抛砖引玉。注：以下教程在中文windows 10平台完成。

2 zotero和坚果云网盘的注册及安装

zotero注册网址为Zotero | Home。文献管理软件zotero有火狐浏览器版和单机版，单机版名称为zotero standalone，这里下载单机版。由于zotero其实本身支持同步，但由于其免费版只有300M，因此可以考虑将同步数据存储在合适的网盘上。

坚果云网盘用于存储文献、同步。注册网址为坚果云官网 - 坚果云 - 云盘|网盘|企业网盘|同步|备份|无限空间|免费网络硬盘|企业云盘。坚果云的免费版无存储空间限制，但是每月的流量有限制：上传1G/月，下载3G/月，这对于文献来说是够用的了。另外，坚果云网盘支持WebDAV协议，能与zotero进行数据同步，配置起来也十分简单，因此这里采用坚果云网盘。
zotero同步也可以搭配其他网盘软件[1]，然后创建软连接（windows下使用）使用，比如dropbox。我自己捣鼓了几次，发现还是实现不了想要的功能，望能成功者告知:-D

3 zotero的配置与网盘的配合
实现zotero和网盘的配合需要对zotero和网盘进行设置。
1.首先打开坚果云网盘网页端，点开账户信息>安全选项，下面有个第三方应用管理，用于授权第三方 WebDAV 应用访问云空间。然后添加应用，等会会生成该应用的密码。如下图所示，服务器地址将会用于zotero的同步设置上

2.打开PC版zotero standalone，点开工具栏的工具>首选项，然后进入同步选项。然后

Zotero同步服务器框中，填上你zotero账号和密码。
文件同步框中，选择使用WebDAV，然后填上上小节中所述的坚果云网盘服务器地址，账户和申请的应用密码。

3.设置好坚果云网盘在PC本地的存储目录，比如我将文献都存储到F:\MyNutstore\zotero。zotero本地的存储目录设置问题不大，可以忽略。然后在刚刚上小节所述的zotero首选项中，点击高级，进入高级页面，进行如图所示的设置。
注：这里最重要的是连接附件根目录的设置，“在根目录中，Zotero对链接附件使用相对路径，因此只要文件结构相同，您可以在不同的电脑上访问这些附件”这句话提醒在其他的电脑也要保持相同的目录结构

4.其他设置。在zotero首选项的搜索页面中，检查更新；在导出页面中，可以设置引用文献的默认输出格式。
4 zotero与谷歌浏览器的配合
在chrome的网上应用商店安装Zotero Connector插件到浏览器上。该插件可以自动抓取网页学术信息（比如书籍、谷歌学术、维基百科等）到zotero里，稍后介绍。

5 zotero有用的插件
安装插件的方法为，下载该插件到电脑里，然后手动安装，步骤为：打开Zotero，工具>插件>右上角圈圈>install add on from file（从文件选择添加插件），然后选择文件后就可安装啦。

ZotFile：对PDF文件进行分析，提取元数据等。下载地址Advanced PDF management for Zotero
Zotero Scholar Citations：获取文献谷歌学术引用数。下载地址beloglazov/zotero-scholar-citations
欢迎补充其他有用的插件呀

6 zotero的特色功能
至此，已完成对zotero的基础配置，接下来介绍一些常用的功能。

自动抓取网页学术信息。zotero可搭配谷歌浏览器对网页学术内容进行抓取，比如用谷歌学术搜索文献后，安装的Zotero Connector插件点亮，表示可以下载，点击该图标即可。可移步[1]进行学习。
文献管理。先把文献下载到坚果云本地目录里，从zotero面板导入文件链接，然后对该文件鼠标右键提取元信息，然后再对附件右键-附件管理>重命名附件。（步骤如下图所示）

给文献上标签。给文献上标签，比如写上“待读”。zotero面板的左下方储存着该项目文件下所有的标签，点击标签，比如“待读”，就会只显示附加了该标签的文献，即又可以根据标签对文献进行分类。

更新文献的谷歌学术引用数。安装好Zotero Scholar Citations插件后，在Title区的右上角将Extra选项点√，然后对该文献鼠标右键-更新引用数（update citations），谷歌引用数就是显示在Extra（其他）段。

文献同步。直接点击zotero面板的右上角绿色圈圈同步即可。
其他。其他有趣有用功能还待发现，欢迎补充。

参考
[1]Zotero（1）：文献管理软件Zotero基础及进阶示范

把上面提到的大部分软件都大致的研究了下。最终选择Mendeley。
下面针对我目前用到的功能进行对比分析，其他功能以后用到再补充。
1.文献搜索：
Paper：支持很多主流文献数据库搜索，如arXiv，google scholar；
Endnote：虽然也有很多数据库，但是上面列举的两个就没有；
Mendeley：不知道是在什么数据库中搜索；
Readcube：自带的搜索引擎，加上pubmed，google scholar（在翻墙状态下，仍然无法使用该选项搜索）；而且没有高级选项。
Paper收费，所以不用它了。
2.文献管理
Endnote：
优点：

可以直接在软件内搜索WOS等数据库文献记录并批量下载PDF
可以方便的用不同杂志的模板写论文，引用格式多样
云同步

缺点：

不支持全文搜索
不支持直接拖拽PDF文件或文件夹到软件中
PDF文件重命名最大支持40个字符（可是大多时候都超过40个）
有Label功能（但是是在中间的排序窗口中显示Label结果，并不是像Mendeley在左边窗口显示而且可以选择不同的Tag，也不能及时在窗口中显示出来，还得保存一下）
基本没有参考文献记录解析能力

Mendeley：
优点：

支持全文搜索
支持直接拖拽PDF文件或文件夹到软件中（个人习惯这个操作，一步步选有点麻烦）
PDF文件重命名没有字符数限制
免费Tag功能
免费云同步
对参考文献记录解析能力强
支持推荐相关参考文献

缺点：

不能下载PDF

Readcube：
优点：

支持直接拖拽PDF文件或文件夹到软件中
PDF文件重命名没有字符数限制
可以将PDF文件按照年份，期刊，作者，标题分到不同的子文件夹中（但是实际上我需要的是按照标签来分类，所以这个功能没什么用）
支持推荐相关文献，并且可以选择时间范围（不错）

缺点：

Tag功能专业版才有，要收费
云同步要收费
对参考文献解析能力不如Mendeley
可以单个下载PDF，但不能批量下载，且速度慢

3.文献分析
文献分析软件主要用来找到本领域的综述性的、经典的、贡献大的参考文献，并从中分析出当前的研究热点以及未来的发展趋势。我只用过Refviz和CiteSpace这两个软件。
Refviz：可以根据某个关键词得出相关的热门的研究方向，可以参考
博士应该采取什么策略读文献？ - Esquirrel 的回答 - 知乎 CiteSpace：结合WOS可以找到某个领域相关的经典文献。主要是根据被引次数来判断。功能很强大，但是操作繁琐，还不如直接在WOS和google scholar中看被引次数。并且经典文献就那几篇，用不着根据软件来判断，除非是新的研究方向。
4.总结：

Paper的文献搜索功能最好
考虑文献搜索和文献管理，Endnote综合性能最好
不考虑文献搜索，Mendeley性能最好

因此，我目前的文献管理方法为，首先在电脑中建几个大类的文件夹，再在每个文件夹中慢慢积累参考文献，由于下载的PDF文件名称通常很乱，再用Mendeley按照时间-标题-期刊进行重命名。具体过程如下：

用google scholar和WOS进行文献搜索和分析
用Mendeley进行文献管理（PDF重命名，在所有PDF全文中查找某个关键

词，查看推荐文献，同步文献，标签功能）

在Mendeley中选择用Foxit Reader打开PDF文件，在Foxit Reader中对PDF 进行标注

这样的做结果是，硬盘中每个文件夹中的PDF是按照时间来排序的，并且PDF文件里面包含自己的注释笔记。事实上，Menleley只是辅助搜索自己想要查找的某篇文献或者某个关键词，主要还是用Foxit Reader来阅读、注释。
以上只是从个人需求和个人习惯的角度来分析的，仅供大家参考。

我来推荐一个强大的文献管理软件：Papers 3，Mac、Windows 和 iOS 平台都有。用过 NoteExpress 和 EndNote，还是觉得 Papers 3 最好用。其实 EndNote 已经是够用的文献管理软件，和 Web of Science 结合起来之后找文献、保存文献信息、引用文献都很方便，够用但毕竟平淡，而 Papers 3 就更为出彩了。下面我从搞科研的基本工作流程来说明 Papers 3 好在哪里。
第一步一般是根据关键词查文献、搜集文献，这一切都可以在 Papers 3 内置的搜索引擎里完成，这个搜索引擎整合了大部分文献数据库，支持各种字段的搜索。文献信息可以一键导入，如果此时你在学校内网环境，甚至可以直接下载PDF文件。下载的PDF文件可以设置自己喜欢的格式自动重新命名，比如我就是“作者－刊名－卷－页码－年份”的命名格式，万一需要找到特定的PDF文件（其实一般不需要）就可以很方便。假如已经有 PDF 文献了但是 Papers 3 里没有文献信息，只需要把 PDF 文件拖入 Papers 3 即可，它会自动识别文献信息，除了早期的一些图片版 PDF，识别率还不错。就算识别不出来或者识别不全，还可以通过 Match 功能利用内置搜索引擎补全文献信息。如果喜欢在浏览器直接在 Google、Google Scholar或者各个数据库搜索，也可以通过浏览器 Bookmarklet 导入文献信息。我个人有时会浏览专业杂志主页，看的感兴趣的文献，用 Chrome 插件一键加入到 Papers 3 的 reading list 里面以备不时之需。

第二步是整理和阅读文献。 Papers 3 通过收藏集（Collections）来归类不同的文献信息，除此之外它还支持智能收藏集（Smart Collection），设置一定的规则，导入的文献信息就自动进入到这个收藏集里。Paper 3 内置了功能足够的 PDF 阅读器，标注、做笔记、文字标签、颜色标签一应俱全。不同属性的排序和标记基本上可以迅速定位到想要找的文献信息。不仅如此，Papers 3 支持 PDF 全文和笔记标注的搜索，这样在写文章的时候想起某句话、某个观点但就是想不起哪篇文献的时候就很有用了，一搜便知。

做完实验得到数据，第三步就是写文章引用文献了。不同于 EndNote 或者 Mendeley 用 Word 插件的方式，在写作的时候通过 Papers 3 唤起插入文献的小窗口，简单的搜索就可以快速插入想要引用的文献。引文格式当然是可以修改的，支持大多数主流期刊样式。相比 EndNote 插入引文的方式，我觉得这种方式更自然。

（本图来自 Papers 3 官网）
除了以上介绍的，Papers 还支持用 Dropbox 同步，这样结合 iOS 客户端，在移动设备上也可以愉快的看文献了，换了电脑同样没有问题。其他特色功能感兴趣的自己去探索吧，免费用一个月，一个月后79欧元，但是如果是学生的话可以申请到49欧元的优惠价，一个授权支持三台机器。

总之， Papers 3 是我用过的最好的文献管理软件，而且也是最漂亮的——这很重要，用的时候就心情愉悦，美就是生产力之一啊。
详见：
http://songchunlin.net/cn/2016/03/papers-3/

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文献管理器有什么软件比较好，它们是怎样使用的？

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