一、抗生素抗性基因芯片检测
1、什么是抗生素抗性基因芯片检测？
针对383个抗生素抗性基因设计的对应qPCR引物包装至薄层金属合金纳米孔芯片得到高通量qPCR芯片，基于SmartChip Real-Time PCR System可对多个样本进行高效性、高通量、高精确性和高灵敏度的目标基因检测和定量计算。同时搭建高通量自动微量加样和基因定量分析平台，可一次性高速完成5184个反应和数据分析，规避了以往传统qPCR方法的基因检测单一化、费用成本高和效率低等等缺点。
2、抗生素抗性基因芯片检测优势
（1）检测通量高，383个抗生素抗性基因同时检测；
（2）样本用量低，构建纳升级别反应体系；
（3）绝对定量，根据16S rRNA的绝对定量信息换算所有基因的绝对定量信息；
（4）特异性高，对文献及数据库收录的引物反复实验获取高特异性引物。
3、应用方向
（1）抗生素抗性基因分布特征；
（2）抗生素抗性基因传播机制研究。
4、实验流程
样本准备-> 核酸提取-> qPCR芯片反应-> 数据处理
5、分析流程
6、样本要求
土壤、淤泥、沉积物：≥ 3 g
粪便：≥ 1 g
水样滤膜：≥ 1 张
拭子样本：≥ 2 个
DNA：浓度≥ 20 ng/μL；总量≥ 2 ng
7、技术参数
生物学重复：微生物样本重复数≥3个；
检测系统：SmartChip Real-Time PCR System
项目周期：25个工作日
8、结果展示
（1）基因检测统计
根据各基因在各样本中的Ct值统计出基因检测情况，其中在表格中标注“0”代表该基因在对应样本中未检出，在表格中标注“1”代表该基因在对应样本中检出。而只有在三个技术重复中均被检出的基因，才会将该基因判定为阳性。
（2）基因定量总表
根据SmartChip Real-Time PCR System和Canco软件给出的各基因在各样本中的Ct值，根据相对定量 = 10^(31-Ct)/(10/3)公式，计算得出各基因在各样本中的相对定量信息。而只有在三个技术重复中均被检出的基因，才会将该基因判定为阳性，并计算其平均值作为该基因在对应样本中相对定量。其中在表格中标注“0”代表该基因在对应样本中未检出，而表格中的数值代表该基因在对应样本中的定量，数值越大意味着该基因在对应样本中的定量越高。
（3）基因绝对定量
根据16S rRNA基因的绝对定量换算得到各基因在各样本中的绝对定量信息，公式如下：
16S相对定量/16绝对定量=基因相对定量/基因绝对定量
表格中数值代表在对应样本中每微升的基因拷贝数量，而只有在三个技术重复中均被检出的基因，才会将该基因判定为阳性，并计算其平均值作为该基因在对应样本中绝对定量。其中在表格中标注“0”代表该基因在对应样本中未检出，表格中的数值代表该基因在对应样本中的绝对定量，数值越大意味着该基因在对应样本中的绝对定量越高。
二、环境粪便污染溯源芯片检测
1、什么是环境粪便污染溯源芯片检测
针对23个环境粪便污染溯源基因设计的对应qPCR引物包装至薄层金属合金纳米孔芯片得到高通量qPCR芯片，基于SmartChip Real-Time PCR System可对多个样本进行高效性、高通量、高精确性和高灵敏度的目标基因检测和定量计算。同时搭建高通量自动微量加样和基因定量分析平台，可一次性高速完成5184个反应和数据分析，规避了以往传统qPCR方法的基因检测单一化、费用成本高和效率低等等缺点。
2、环境粪便污染溯源芯片检测优势
（1）检测通量高，23个环境粪便污染溯源基因同时检测；
（2）样本用量低，构建纳升级别反应体系；
（3）绝对定量，根据16S rRNA的绝对定量信息换算所有基因的绝对定量信息；
(4)特异性高，对文献及数据库收录的引物反复实验获取高特异性引物。
3、应用方向
（1）粪便污染溯源；
（2）环境污染管理措施制定。
4、实验流程
样本准备 ->核酸提取-> qPCR芯片反应-> 数据处理
5、分析流程
6、样本要求
土壤、淤泥、沉积物：≥ 3 g
粪便：≥ 1 g
水样滤膜：≥ 1 张
拭子样本：≥ 2 个
DNA：浓度≥ 20 ng/μL；总量≥ 2 ng
7、技术参数
生物学重复：微生物样本重复数≥3个；
检测系统：SmartChip Real-Time PCR System
项目周期：25个工作日
8、结果展示
（1）基因检测统计
根据各基因在各样本中的Ct值统计出基因检测情况，其中在表格中标注“0”代表该基因在对应样本中未检出，在表格中标注“1”代表该基因在对应样本中检出。而只有在三个技术重复中均被检出的基因，才会将该基因判定为阳性。
（2）基因定量总表
根据SmartChip Real-Time PCR System和Canco软件给出的各基因在各样本中的Ct值，根据相对定量 = 10^(31-Ct)/(10/3)公式，计算得出各基因在各样本中的相对定量信息。而只有在三个技术重复中均被检出的基因，才会将该基因判定为阳性，并计算其平均值作为该基因在对应样本中相对定量。其中在表格中标注“0”代表该基因在对应样本中未检出，而表格中的数值代表该基因在对应样本中的定量，数值越大意味着该基因在对应样本中的定量越高。
(3)基因绝对定量
根据16S rRNA基因的绝对定量换算得到各基因在各样本中的绝对定量信息，公式如下：
16S相对定量/16绝对定量=基因相对定量/基因绝对定量
表格中数值代表在对应样本中每微升的基因拷贝数量，而只有在三个技术重复中均被检出的基因，才会将该基因判定为阳性，并计算其平均值作为该基因在对应样本中绝对定量。其中在表格中标注“0”代表该基因在对应样本中未检出，表格中的数值代表该基因在对应样本中的绝对定量，数值越大意味着该基因在对应样本中的绝对定量越高。
三、病原菌定量芯片检测
1、什么是病原菌定量芯片检测
针对69个病原菌基因设计的对应qPCR引物包装至薄层金属合金纳米孔芯片得到高通量qPCR芯片，基于SmartChip Real-Time PCR System可对多个样本进行高效性、高通量、高精确性和高灵敏度的目标基因检测和定量计算。同时搭建高通量自动微量加样和基因定量分析平台，可一次性高速完成5184个反应和数据分析，规避了以往传统qPCR方法的基因检测单一化、费用成本高和效率低等等缺点。
2、病原菌定量芯片检测的优势
（1）检测通量高，69个病原菌基因同时检测；
（2）样本用量低，构建纳升级别反应体系；
（3）绝对定量，根据16S rRNA的绝对定量信息换算所有基因的绝对定量信息；
（4）特异性高，对文献及数据库收录的引物反复实验获取高特异性引物。
3、应用方向
（1）病原菌丰度和分布特征；
（2）病原菌传播途径研究。
4、实验流程
样本准备-> 核酸提取-> qPCR芯片反应-> 数据处理
5、分析流程
6、样本要求
土壤、淤泥、沉积物：≥ 3 g
粪便：≥ 1 g
水样滤膜：≥ 1 张
拭子样本：≥ 2 个
DNA：浓度≥ 20 ng/μL；总量≥ 2 ng
7、技术参数
生物学重复：微生物样本重复数≥3个；
检测系统：SmartChip Real-Time PCR System
项目周期：25个工作日
8、结果展示
（1）基因检测统计
根据各基因在各样本中的Ct值统计出基因检测情况，其中在表格中标注“0”代表该基因在对应样本中未检出，在表格中标注“1”代表该基因在对应样本中检出。而只有在三个技术重复中均被检出的基因，才会将该基因判定为阳性。
（2）基因定量总表
根据SmartChip Real-Time PCR System和Canco软件给出的各基因在各样本中的Ct值，根据相对定量 = 10^(31-Ct)/(10/3)公式，计算得出各基因在各样本中的相对定量信息。而只有在三个技术重复中均被检出的基因，才会将该基因判定为阳性，并计算其平均值作为该基因在对应样本中相对定量。其中在表格中标注“0”代表该基因在对应样本中未检出，而表格中的数值代表该基因在对应样本中的定量，数值越大意味着该基因在对应样本中的定量越高。
（3）基因绝对定量
采用已知浓度的混合标准质粒的Ct值绘制标准曲线，将目的基因的Ct值代入标准曲线拟合公式，计算公式如下：
Y=kx+b (x为目的基因的Ct值)
表格中数值代表在对应样本中每微升的基因拷贝数量，而只有在三个技术重复中均被检出的基因，才会将该基因判定为阳性，并计算其平均值作为该基因在对应样本中绝对定量。其中在表格中标注“0”代表该基因在对应样本中未检出，表格中的数值代表该基因在对应样本中的绝对定量，数值越大意味着该基因在对应样本中的绝对定量越高。
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